L'agence de l'eau Loire-Bretagne et le Conseil général d'Eure-et-Loir, jusqu'en 2014, réalisent des mesures pour évaluer et suivre la qualité des cours d'eau.
L'agence de l'eau Loire-Bretagne suit la qualité des cours d'eau et des eaux souterraines sur son territoire dont le Loir. Ce suivi permet notamment d'évaluer l'atteinte des objectifs européens de bon état des eaux.
En 2013, les objectifs de bon état des eaux n'ont pas été atteints.
Depuis une dizaine d'années, en complément des mesures réalisées par l'agence de l'eau Loire-Bretagne, afin d'obtenir une photographie de qualité des cours d'eau du département, le Conseil général d'Eure-et-Loir effectuait des prélèvements et des analyses en rivières 6 fois par an. Ce réseau de mesures ne sera pas reconduit en 2015.
Les résultats des dernières campagnes de mesures sont publiés via son observatoire, ils sont détaillés par paramètre.
Afin d'évaluer l'efficacité des travaux réalisés par le SMAR Loir 28, des mesures de la qualité des cours d'eau seront réalisées avant et après travaux. Des protocoles spécifiques, élaborés, entre autres, par l'office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) seront utilisés.