Les milieux connexes sont des zones en liaisons avec le cours d’eau telles que les bras morts, marais, mares, prairies inondables, boisements en bordure de rivière. Ils représentent un fort potentiel
écologique. La Conie, à la fois rivière et marais en est un bel exemple
avec ses multiples chenaux.
Ces milieux offrent une grande variété d'habitats pour la faune et la flore. Les annexes hydrauliques ont un rôle déterminant dans la reproduction des poissons comme le brochet, espèce que l’on retrouve particulièrement sur le bassin du Loir et ses affluents. Elles constituent également des zones naturelles d’expansion des crues
Ces actions sont notamment portées par la Fédération Départementale de Pêche et de Protection du Milieu Aquatique d’Eure-et-Loir.
Afin de préserver et mettre en valeur le patrimoine naturel constitué par les zones humides, certains sites remarquables font l’objet d’un plan de gestion porté par le Conservatoire Régional des Espaces Naturels de la région Centre. Le conservatoire peut également aider les particuliers possédant des terrains avec une faune et flore d’intérêt.
Plus globalement la vallée du Loir et ses affluents aux environs de Châteaudun est un site Natura 2000 : site naturel identifié pour la rareté ou la fragilité des espèces sauvages, animales ou végétales, et de leurs habitats.
Pour savoir si vos parcelles sont concernées consulter le site des plaines et vallées dunoises.